De woonzone van de Dampoort te Sint-Kruis groeide na de Tweede Wereldoorlog uit tot een druk bevolkte wijk; wat verder af van de parochiekern van de H. Kruis­verheffing. Een hulpparochie kon daar een oplossing voor bieden. Bij KB van 8 maart 1962 werd op de Dampoortwijk die hulpparochie opgericht onder de titel heilige St.-Franciscus van Assisië.

Een kerk voor de hulpparochie. Al in april 1962 werd er beslist tot de bouw van een kerk op een perceel grond groot 50 are, gelegen in de Karel van Manderstraat.  Het bisdom Brugge werd de bouwheer en financierde de bouwwerken met fondsen van “Domus Dei”.  De plannen werden opgemaakt door architect C. Vastesagher en de firma Vanharens en Zoon te Torhout kreeg de bouwwerken toegewezen. Van E.H. F. Catrysse, pastoor van de H. Kruisverheffing, verwachtte de bouwheer een bijdrage van één miljoen in de bouwkosten.  Bovenop rekende het bisdom er ook op dat de parochie de kosten van aankleding en meubilering van de nieuwe kerk zou betalen. E.H. R. Verduyn, medepastoor, richtte met de medewerking van de parochiale organisaties een bouwfonds op. Een reeks geslaagde ontspanningsavonden “Waag je kans” brachten heel wat geld op. Het bouwfonds werd gespijsd door heel wat initiatieven.  Zo stelde de toneelkring “Reynaert” de opbrengst van de opvoering, “Annuntiata” integraal ter beschikking van het bouw­fonds.

Op 21 december 1963 had de plechtige eerste steenlegging plaats met een toespraak door Mgr. V.Van Gheluwe.  Pastoor Catrysse meldde in “Kerk en Leven” van september 1964: “ledereen kan zien dat de St.-Franciscuskerk goed opschiet. Ik dank de milde gevers die mij in staat stelden een half miljoen aan Domus Dei te overhandigen.  Nu blijft nog, de andere helft en de meubilering. Ik blijf verder beroep doen op de vrijgevigheid van de parochianen.” Op 10 juli 1965 werd de St.-Franciscuskerk plechtig ingewijd door Mgr. E.J. De Smedt, bisschop van Brugge. In de hulpkerk konden wel eucharistievieringen worden opgedragen maar er mochten voorlopig, geen begrafenisdiensten of huwelijksinzegeningen plaatsvinden.

Aanvankelijk bleven de activiteiten in de nieuwe kerk dus beperkt tot de zondagsdiensten (7.30 uur en 9.30 uur) opgedragen door E.H. H. Vanden Bussche, medepastoor van de Kruisverheffing. Vanaf oktober 1965 werd er ook op woensdag en vrijdag mis gelezen en het kerkgebouw werd elke dag opengesteld voor de gelovigen. Ter gelegenheid van het priesterjubileum van kapelaan H. Vanden Bussche werd een Klokkenfonds opgericht. Op 1 oktober 1967 werden drie klokken besteld te Aarle-Rixtel (Nederland) en door Mgr. De Keyzer gewijd.

Hulpparochie wordt parochie.
Bij bisschoppelijk besluit van 5 juli 1966 werd de hulpparochie een kapelanij en de grensscheidingen met de andere parochies werden vastgelegd. Bij bet KB van 31 december 1970 werd de nieuwe parochie officieel erkend met vermelding van de parochiegrenzen en de instelling van een kerkraad.

Intussen was kapelaan, H. Vanden Bussche al benoemd tot pastoor van de nieuwe parochie. De plechtige aanstelling had plaats op 21 december 1969, een zondag met uitzonderlijk gladde wegen. Bij gelegenheid van de aanstelling werd beslist de kerk met een pijporgel te verrijken. Het Orgelfonds vertrouwde de bouw toe aan de firma Jos. Loncke en Zn te Esen. Op 25 september 1971 had de orgelwijding, plaats. In december 1974 besliste het bisdom de St.-Franciscuskerk aan de stad Brugge te verkopen. De gemeenteraad is op het aanbod ingegaan. Sindsdien valt het onderhoud van het terrein omheen de kerk rechtstreeks onder de bevoegdheid van de Groendienst van de stad. Het beheer en het onderhoud van het kerkgebouw blijven uiteraard bij de kerkfabriek, die door middel van jaarlijkse begrotingen en het voorleggen van de rekeningen hiervoor door de stad gesubsidieerd wordt. Op 22 september 1984 nam E.H. H. Vanden Bussche eervol ontslag. Dankbaar vierde de parochie het afscheid van haar eerste pastoor en wuifde hem uit naar zijn geb­oortedorp Haringe.

Tot nieuwe pastoor benoemde de bisschop E.H. L. Fevery, medepastoor op de Christus­-Koningparochie te Brugge. Op 28 oktober 1984 had de plechtige aanstelling plaats. Onder impuls van de kerkfabriek werd door de stad naast de kerk een pastorie gebouwd die E.H. L. Fevery voor het eerst in gebruik kon nemen. Pastoor Louis Fevery bleef in dienst tot kort voor zijn overlijden op 19 augustus 2010. Hij werd als dusdanig niet vervangen. Pastoor Jozef Quaghebeur (H.Kruisverheffing) wordt contactpersoon, pastoor-moderator Hugo Pieters (St-Thomas Male), en Prof. Em. Jean-Pierre De Rudder gaan om beurten voor in de weekendliturgie, diaken Wilfried Desrumaux heeft er ook zijn preekbeurt.
(Met dank oa aan 0. Moeyaert, voorzitter Kerkfabriek 1971)